永承年間（1046−1053）、出雲大社の第24代北島国造により創建、勧請とされ、当初は上市字横見の「トヤノハナ」に位置していた。本地の近隣に「古宮ノ上」や「宮ノ前」などの地名が残っており、本神社で代官・祐清が殺害された（寛正4年［1463］8月25日）と考えられている。なお、近世以降に現在の位置（上市744）に移転された。