御神木は、明石神社本殿の裏山にあり、樹高約46mで目通り周囲7m、樹齢約700年の杉の巨木である。新見市では、大佐の大佐神社および大井野八幡神社の御神木に次ぐ大きさである。また鳥居から本殿にいたる急勾配(きゅうこうばい)の参道両脇には、杉の大木12本が並んでいる。これらは樹高約38m、目通り周囲3.7m、推定樹齢300年のものも含まれており、見事な杉並木を形成している。